昌平区中医医院始建于1984年，1992年12月正式建院。1995年6月被世界卫生组织、国家卫生部命名为“爱婴医院”，同年10月被国家中医药管理局评定为“二级甲等中医医院”，2009年2月成为“北京中医药大学昌平临床教学医院”，2012年9月顺利通过国家中医药管理局三级甲等中医医院的评审验收。2012年12月以租赁方式开辟医院南院区(5000㎡)，打造以健康体检、中医体质辨识、治未病、针灸按摩等中医诊疗技术为主的中医综合诊疗区和健康管理中心，同时建立北京中医药大学临床教学基地。在各级领导和社会各界的大力支持下，医院的中医药特色更加突出，中医药优势更加明显，中医药文化更加显现。医院的业务建设、专科发展、诊疗技术、医护质量逐年提升，服务人群逐年递增，均达到历史最高水平，现已成为昌平地区集中医医疗、教学、科研、康复为一体的综合性三级甲等中医医院。